Mal abgesehen davon, dass dies niemand ohne Kenntnis aller Besteuerungsgrundlagen, auch der aus der Schweiz, genau beantworten kann, wäre das doch wohl ein Fall für einen Angehörigen der steuerberatenden Berufe.
Das Freizügigkeitskonto ist ja nur eine verschobene Auszahlung der Altersvorsorge aus Säule 2.
Es fällt zunächst die schweizerische Quellensteuer an, die du aber nach Versteuerung in Deutschland zurück bekommst.
In Deutschland gibst du sie als "Ausländische Kapitalerträge" an, wo sie mit 25% pauschal versteuert werden.
So jedenfalls haben mir das damals mein zuständiger deutscher Finanzbeamter und sein Pendant im schweizerischen Steueramt erklärt.
Du kannst gerne auch deinen Steuerberater fragen, aber meiner Erfahrung nach wissen die meisten bei grenzübergreifenden Einnahmen nicht so richtig Bescheid und verweisen auf den Finanzamt-Sachbearbeiter.
(mitlesende Steuerberater sind natürlich ausgenommen, ich kann nur über die von mir kontaktierten berichten). 
